المعالجة الحيوية هي عملية تستخدم لتنظيف وإزالة السموم من المواقع الملوثة عن طريق استخدام الكائنات الحية الدقيقة أو النباتات أو الإنزيمات الخاصة بها لتحطيم الملوثات البيئية وتحطيمها. يتضمن الإدخال الطبيعي أو المتعمد لهذه العوامل البيولوجية لتعزيز معدل تحلل الملوثات وتحويلها.